明洪武元年（），朱元璋灭元称帝，同年，明兵克福建，擒元末一度统治福建近四年的陈友定，汀州总管陈国珍降明。
洪武二年（），福建置福建等处行中书省，洪武九年（）改为福建承宣布政使司，改路为府，共领八府：福州府、兴化府、建宁府、延平府、汀州府、邵武府.泉州府、漳州府。
汀州路、漳州路于洪武元年（）改为府。长汀、宁化、上杭、武平、清流、连城六县仍隶汀州府。龙岩县仍隶漳州府。
明成化六年（），汀州府同知程熙以清流县明溪寨巡检司地，介于将乐、沙县、宁化、清流之间，交通梗阻，往来不便，呈请析四县地置县获准，次年析宁化柳阳、下觉二里，清流归上、归下二里，沙县沙阳里、将乐中和里，置归化县（今三明市明溪县）。
明成化七年（），福建巡抚据龙岩县民林廷琥等建议奏闻获准，析龙岩县居仁、聚贤、感化、和睦、永福五里置漳平县，属漳州。县名取邑居漳水上流，千山之中，此地独平之意。县署所在地名小菁村，建县以后改为菁城。
明成化十四年（），福建巡抚高明奏准，析上杭县胜运二图、溪南五图、太平、金丰、丰田各四图共五里十九图建永定县，属汀州。这一年农民钟三、黎仲端聚众起义，遭到镇压，县名取“永久平定”之意。
至此，汀州府共领长汀、宁化、上杭、武平、清流、连城、归化（今三明市明溪县）、永定八县。
明嘉靖十四年()，析漳平县聚贤里九图及永安县一都、尤溪县十五都、德化县一团增置大田县，属延平府。
明嘉靖四十一年()，析武平、上杭两县及江西之安远，惠州之兴宁等地置平远县，隶江西赣州。次年，武平、上杭又恢复县建制，仍属汀州。
明隆庆元年()，置宁洋县，属漳州。宁洋本龙岩县集贤里东西洋巡检司地。明政府为便于对这里的农民起义军的镇压，采纳漳平生员曹文悴、曹鸣凤之议，析龙岩集贤里五图，收回大田县聚贤里内三图，并割永安县四图以建县。宁洋之县名，取“宁靖东西洋之地”意。